Também denominada endogamia, a consanguinidade é o fenômeno que se observa quando se realiza acasalamento entre indivíduos que mantêm, entre si, um parentesco maior do que o parentesco médio entre os indivíduos dentro da população.

Normalmente, nessas circunstâncias, aumenta-se a frequência de homozigose, condição na qual os fatores que controlam a herança dos caracteres, conhecidos por alelos, nos dois cromossomos homólogos, são de mesmo efeito fenotípico.

Aumentando-se a homozigose, a consanguinidade predispõe a população a um maior risco de perda de alelos, o que pode levar a uma redução da variabilidade genética e da resposta à seleção na população. Caso os indivíduos que se acasalam sejam portadores de algum defeito de herança recessiva, aumenta-se a chance de ocorrência desse problema nas progênies.

Além disso, por aumentar a homozigose, a consanguinidade ocasiona uma perda de vigor denominada depressão endogâmica, que se manifesta nas diversas características, mas principalmente em características reprodutivas. Essas são razões pelas quais deve ser evitado que touros cubram suas próprias filhas ou fêmeas com parentesco muito próximo.

O fenômeno oposto à consanguinidade é a heterose, comentada nos tópicos relacionados a cruzamentos. A heterose se manifesta, justamente, quando se acasalam indivíduos não aparentados entre si, com um consequente aumento de heterozigose, que proporciona o denominado vigor híbrido no animal cruzado, que pode ser quantificado pela heterose.