O sucesso no controle das infestações da mosca-dos-estábulos e as medidas a serem adotadas dependem da origem do problema. A principal medida é identificar e eliminar os locais de reprodução das moscas, os quais estão associados à matéria vegetal em decomposição/fermentação. Os mais comuns são resíduos de suplementação alimentar de bovinos (silagem, feno, ração etc.), fertilizantes orgânicos (principalmente esterco aviário) utilizados em diversos cultivos e resíduos orgânicos gerados em sistemas agrícolas ou agroindustriais. A eliminação destes sítios de criação é fundamental para diminuir ou resolver o problema.

A aplicação de produtos inseticidas nos locais de criação é uma alternativa válida, mas um manejo sanitário bem feito é mais barato. A aplicação de inseticidas nos animais é geralmente pouco eficiente e de curta duração, portanto, deve ser feita apenas em casos emergenciais. Brincos inseticidas e aplicações pour-on apresentam baixa eficácia. As mesmas recomendações se aplicam caso a origem do problema esteja em outra propriedade; nestes casos, a maior dificuldade passa a ser a adoção das práticas preventivas (e seus custos) pelo sistema de produção responsável pelos resíduos orgânicos onde a mosca se desenvolve.