A seleção assistida por marcadores moleculares é aquela em que se utilizam os marcadores como ferramenta auxiliar num programa de melhoramento.
Em geral, as estratégias de seleção assistida por marcadores são:
• Selecionar animais com maior quantidade de marcadores favoráveis.
• Calcular o grau de influência do marcador e estimar um valor genético molecular para cada animal candidato à seleção.
• Combinar a identificação dos marcadores com os dados da genealogia dos animais, calculando-se em seguida um valor genético total.