Seleção genômica é seleção feita com base em um grande número de marcadores moleculares. Nessa seleção são utilizados até 800 mil marcadores, cujos testes são organizados em micropainéis, denominados chips, e realizados de uma única vez. Mais do que isso, na seleção genômica, não se tenta identificar quais marcadores têm efeito, mas sim ratear, entre os diversos marcadores, as diferenças observadas na população de referência ou de calibração.

Após a calibração, é criada uma equação que permite calcular o valor genético-genômico do animal, sem necessidade de coletar seus dados no campo. Essa calibração demanda, necessariamente, um banco de fenótipos referentes às características a serem incluídas no processo seletivo.

Em gado de leite, essa técnica tem permitido obter valores genéticos com uma acurácia moderada, sendo suficiente para a técnica ser indicada para uso na prática. Em bovinos de corte, tanto para marcadores quanto para seleção genômica, os estudos ainda estão em andamento.

As informações disponíveis são limitadas e o consenso entre os especialistas é de que o melhoramento animal deverá contar com a genética molecular e a quantitativa, trabalhadas de uma forma combinada.